Lạp thể được cho là có nguồn gốc từ vi khuẩn lam nội cộng sinh. Sự kiện cộng sinh này đã tiến hóa từ khoảng 1,5 tỷ năm về trước[8] và cho phép những sinh vật nhân thực thực hiện quá trình quang hợp thải oxy.[9] Ba dòng lạp thể nổi bật từ quá trình tiến hóa này gồm: lục lạp ở tảo lục và thực vật, rhodoplast ở tảo đỏ và muroplast ở tảo lục lam. Những lạp thể này khác nhau cả về hệ thống sắc tố lẫn cấu trúc siêu vi. Ví dụ, lục lạp đã mất đi tất cả phycobilisome, những phức hệ hấp thu ánh sáng tìm thấy trong vi khuẩn lam, tảo đỏ và tảo lục lam, nhưng thay vào đó lại xuất hiện chất nền stroma và hệ thống thylakoid, cấu trúc chỉ tìm thấy trong thực vật và tảo lục. Lạp thể tảo lục lam — đối chiếu với lục lạp và rhodoplast — vẫn được cấu trúc bởi những tàn tích xa xưa như thành tế bào vi khuẩn lam. Tất cả những lạp thể sơ cấp trên đều bao bọc bởi hai lớp màng.

Những lạp thể phức tạp hơn xuất hiện từ sự kiện nội cộng sinh lần thứ hai (khi một tế bào nhân thực nuốt chửng và hòa hợp một tế bào nhân thực khác có chứa một lạp thể sơ cấp, dẫn đến việc xảy ra sự nội cộng sinh cố định trong nó),[10] khi một tế bào nhân thực hòa hợp tế bào tảo đỏ hay tảo lục và giữ lại lạp thể trong tảo, thường tạo ra những lạp thể đặc trưng bao bởi nhiều lớp màng, nhiều hơn con số 2 lớp ban đầu. Trong một số trường hợp những lạp thể có thể bị tiêu giảm trong quá trình trao đổi chất và/hay khả năng đáp ứng quang hợp. Những nhóm tảo chứa các lạp thể phức tạp nguồn gốc từ sự kiện nội cộng sinh lần thứ hai từ tảo đỏ bao gồm heterokont, haptophyte, cryptomonad, và phần lớn dinoflagellate (= rhodoplast). Tương tự đối với nguồn gốc từ tảo lục bao gồm euglenid và chlorarachniophyte (= chloroplast). Apicomplexa, một ngành của động vật nguyên sinh ký sinh bắt buộc bao gồm những tác nhân gây bệnh sốt rét (Plasmodium spp.), toxoplasmosis (Toxoplasma gondii) và nhiều bệnh khác ở người và động vật cũng mang một lạp thể phức tạp (mặc dù bào quan này đã sót mất trong một số loài Apicomplexa, ví dụ Cryptosporidium parvum, loài gây bệnh cryptosporidiosis). Các 'apicoplast' (lạp thể của Apicomplexa) không còn khả năng quang hợp, nhưng vẫn là một bào quan quan trọng, và là mục tiêu đầy hứa hẹn cho tiến trình phát triển thuốc chống ký sinh trùng.

Một số loài dinoflagellate và sên biển, đặc biệt là chi Elysia, bắt tảo làm thức ăn và giữ lại những lạp thể khi tiêu hóa tảo nhằm sử dụng cho quá trình quang hợp; sau một thời gian, những lạp thể này sẽ bị tiêu hóa. Quá trình này được gọi là kleptoplasty, nguồn từ tiếng Hy Lạp, kleptes nghĩa là bắt trộm.